Secvenţierea completă a genomului ar putea creşte acurateţea selecţiei pacienţilor pentru tratamente oncologice personalizate.
Un nou studiu arată că analiza întregului genom tumoral poate identifica mai precis pacienţii cu cancer care ar putea beneficia de anumite terapii ţintite, comparativ cu testele genetice utilizate în prezent.
Abordarea are potenţialul de a extinde accesul la tratamente pentru pacienţi care nu sunt identificaţi de metodele standard.
Cercetarea a fost realizată de o echipă de la Weill Cornell Medicine şi NewYork-Presbyterian şi a analizat probe tumorale colectate în cadrul unui program privind medicina de precizie.
Folosind secvenţierea întregului genom, cercetătorii au urmărit identificarea unor defecte specifice de reparare a ADN-ului, asociate cu răspunsul la anumite tratamente oncologice. Rezultatele sugerează că această metodă ar putea depăşi limitările testelor actuale, care se concentrează pe un număr restrâns de gene.
În cadrul studiului, publicat luni, în revista Communications Medicine, au fost analizate sute de probe tumorale, în colaborare cu compania de biotehnologie Illumina. Datele obţinute au fost folosite pentru a dezvolta şi valida un algoritm capabil să detecteze deficitul de recombinare omoloagă, un tip de defect al mecanismelor de reparare a ADN-ului.
Tumorile care prezintă acest defect sunt cunoscute ca fiind sensibile la inhibitorii PARP, terapii care blochează suplimentar repararea ADN-ului şi duc la acumularea de leziuni care duc la moartea celulelor canceroase. În aceleaşi situaţii, chimioterapia pe bază de platină tinde să fie mai eficientă.
Algoritmul a fost antrenat pe 305 probe tumorale provenite de la pacienţi cu diferite tipuri de cancer trataţi la Weill Cornell şi NewYork-Presbyterian şi a fost ulterior validat pe un set independent de 556 de cazuri oncologice.
Performanţa sa a fost comparată cu metode existente, folosind alte 212 probe tumorale. Testele iniţiale indică faptul că noul algoritm anticipează mai corect răspunsul la tratament, inclusiv în situaţii în care metodele standard au generat rezultate diferite faţă de evoluţia clinică a pacienţilor.
Până în prezent, selecţia pacienţilor pentru aceste terapii s-a bazat în principal pe identificarea mutaţiilor BRCA1 şi BRCA2, cele mai frecvente cauze ale deficitului de recombinare omoloagă, întâlnite mai ales în cancerele de sân, ovarian, pancreatic şi de prostată.
Studiul arată însă că numeroase alte mutaţii genetice pot afecta acelaşi proces de reparare a ADN-ului. Secvenţierea întregului genom permite detectarea acestor modificări mai largi, devenind recent suficient de accesibilă pentru a fi utilizată pe scară mai largă.
Analiza a arătat prezenţa deficitului de reparare a ADN-ului în 21% dintre tumorile de sân, 20% dintre cancerele pancreatice şi ale căilor biliare şi 17% dintre tumorile ginecologice.
Dintre cazurile identificate, 24% nu prezentau mutaţii BRCA1 sau BRCA2, ceea ce evidenţiază diversitatea mecanismelor genetice implicate.
În mai multe situaţii, algoritmul a corectat rezultate de tip fals negativ sau fals pozitiv generate de testele comerciale.
Autorii studiului subliniază că analiza completă a genomului oferă avantaje semnificative faţă de strategiile ţintite tradiţionale în evaluarea acestui tip de defect molecular.
Cercetarea a fost realizată în colaborare cu compania de diagnostic medical Isabl, Inc., care a contribuit la dezvoltarea algoritmului.
Echipa intenţionează să testeze metoda în studii mai ample, pentru a evalua utilizarea sa ca instrument general de ghidare a tratamentului oncologic.
